Após a queda de meteoritos na terra, crianças começam a desaparecer nos locais onde foi vista uma grande sombra sobrevoando a cidade. As irmãs fadas(Elias) vão investigar e acham vestígios de essência de dinossauros e percebe que um grande mau foi liberado. King Ghidorah está de volta, um monstro que acredita-se ter visitado a terra há milhões de anos e ter causado destruição aos dinossauros. Mais uma vez Mothra surge para a batalha, mas seu inimigo é muito forte e ela é obrigada a tomar uma grande decisão para poder derrotá-lo.
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